As origens do Município estão intimamente ligadas ao Município de Altamira.
Em 14 de abril de 1874, através da Lei nº 811,, foi criado o Município de Souzel, do qual Altamira fazia parte. Na 1ª década do século XX, o governo desmembrou aquele Município, criando o de Xingu, com sede em Altamira.
Conforme divisão territorial, com data de 31 de dezembro de 1936, Xingu compunha-se de 11 distritos: Altamira, Novo Horizonte, São Félix, Porto de Moz, Tapará, Vilarinho do Monte, Veiros, Aquiqui, Souzel, Alto Xingu e Iriri.
Pelo disposto no Decreto-Lei nº 2.972, de 31 de março de 1938, foi mudado o topônimo do Município de Xingu para Altamira, que passou a ser formado por dois distritos: Altamira e Novo Horizonte (zonas de Novo Horizonte e São Félix). Tal situação foi confirmada, através do Decreto-Lei nº 3.131, de 31 de outubro de 1938, que estabelecia a divisão territorial do Estado para o período de 1939-1943.
Na divisão territorial do Estado, fiada pelo Decreto-Lei nº 5.505, de 30 de dezembro de 1943, Altamira mantinha-se com 2 distritos: o de Altamira e o de Gradaús (ex-Novo Horizonte).
Em 29 de dezembro de 1961, durante o governo de Aurélio do Carmo, através da Lei nº 2.460, foi criado o Município de São Félix do Xingu, com área desmembrada do Município de Altamira.
Com as Leis de nºs 5.449 e 5.455, de 10 de maio de 1988, São Félix do Xingu teve seu território desmembrado para criar os Municípios de Ourilândia do Norte e Tucumã.
Atualmente, o Município é constituído de dois distritos: São Félix do Xingu e Gradaús.