É bastante antiga a movimentação no território que abriga o atual Município de São João de Pirabas. No início do ano de 1895, a localidade de São João de Pirabas foi reconhecida como povoado no Município de Salinas. Em 22 de outubro de 1901, através da Lei Estadual nº 797, o povoado de São João de Pirabas foi elevado à categoria de Distrito, com jurisdição em Salinas. Nessa época Pirabas era ponto terminal de navegação a vapor e as embarcações que faziam o trajeto pertenciam a Amazon River Company. Esse comércio permitiu que a localidade tivesse acentuado progresso.
Em 1930, o Município de Salinas foi extinto, sendo seu território e também o de São João de Pirabas, incorporado ao de Maracanã. Quando ocorreu a restauração municipal de Salinas, em 1933, o Distrito de São João de Pirabas passou novamente à sua jurisdição. Com a criação do Município de Primavera, em 1961, Pirabas passou a pertencer-lhe, na condição de Distrito. Foi elevado à categoria de Município com a denominação de São João de Pirabas, pela Lei Estadual nº 5.453, de 10 de maio de 1988, desmembrado do Município de Primavera. Instalado em 01 de janeiro de 1989.
O nome da cidade é homenagem ao santo padroeiro e também referência ao Rio Pirabas, que banha parte do Município.
Fonte: Cidades do Pará - origem e significado de seus nomes
