As origens do Município estão relacionadas à instalação dos padres mercedários na aldeia dos Muanás, pois achavam que, na freguesia de Nossa Senhora da Conceição da Cachoeira, onde se encontravam, não podiam desenvolver seus trabalhos, devido à existência de propriedades particulares, e ali chegando, as aldeias passaram a chamar-se Mangabeiras, por causa da proximidade de uma praia com nome.
Posteriormente, teve a denominação alterada para Ponta de Pedras, por causa das pedras existentes no local, passando à condição de freguesia em 1737, que foi mantida pela Lei de 15 de outubro de 1837 e, assim, passou para a Independência.
No ato da divisão da Província do Pará em termos e comarcas, nas sessões de 10 a 17 de maio de 1833, do Conselho do Governo, seu território foi anexado ao Município de cachoeira, do qual fez parte até 1877, quando a Lei nº 886, de 18 de abril, criou o Município, tendo sido instalado em 30 de abril de 1878.
A Lei nº 1.286, de 13 de dezembro de 1886, transferiu para a vila de Ponta de Pedras a sede da Comarca de Cachoeira, que ficou constituída com o município e termo da mesma comarca.
Em face do Decreto nº 72, de 27 de dezembro de 1930, foi criado o distrito de Itaguari, figurando como sede o Município de Arari, recém-criado pelo mesmo decreto, com território formado dos municípios de Ponta de Pedras e Cachoeira, que haviam sido extintos.
O Decreto nº 349, de 5 de maio de 1931, além de elevar à categoria de cidade a vila de Ponta de Pedras, alterou-lhe a denominação para Itaguari, como também transferiu da cidade de Cachoeira para a cidade de Itaguari as sedes da Comarca de Arari e da Prefeitura Municipal.
No quadro de divisão administrativa relativo a 1933, o Município de Arari era formado, apenas do distrito-sede, que era o de Itaguari, o mesmo não acontecendo com a divisão fixada pela Lei nº 8, de 31 de outubro de 1935, datada de 31 de dezembro de 1936, no qual era constituído de seis distritos: Anajás, Bacabal, Lago Arari, Mutá e Santa Bárbara.
No quadro da divisão territorial de 31 de dezembro de 1937, o Município aparece integrado por oito distritos: Itaguari, Anajás do Arari, Anabiju, Bacabal, Lago Arari, Mutá, Santa Bárbara e Santa Cruz. Tendo seu nome alterado para Itaguari, através do Decreto-Lei nº 2.972, de 31 de março de 1938 e, além disso, passou a ser formado apenas do distrito de Itaguari.
Pelo Decreto-Lei nº 3.131, de 31 de dezembro de 1938, passou a chamar-se novamente Ponta de Pedras, permanecendo constituído do distrito-sede na divisão judiciário-administrativa para o período 1939-1943 como também em face do Decreto-Lei nº 4.505, de 30 de dezembro de 1943, que fixou a divisão territorial para vigorar no quinquênio 1944-1948.
Na década de 50 o município compunha-se de dois distritos: Ponta de Pedras e Santa Cruz e, atualmente, é formado apenas pelo distrito-sede.
