O nome é referência ao rio que banha o território municipal e,também,ao fato de existir, nos rios e lagos da Amazônia, o peixe-boi, mamífero da família dos triquequídeos, gênero trichehus, que se alimenta de ervas ribeirinhas e chega a medir três metros de comprimento. O Rio Peixe-Boi cruza o território municipal e serviu de principal via para o desbravamento da região. Em 1885, os primeiros colonos subiram o Peixe-Boi e se estabeleceram em sua confluência com o Rio Timboteua e Igarapé Jaburu.
No local, começou a formar-se uma povoação, pois outras pessoas foram ali morar, cuidando da agricultura. A povoação de Peixe-Boi evoluiu em torno da Estrada de Ferro de Bragança, que construiu uma estação no KM 163, sendo solenemente instalada no dia 01 de março de 1907.
O Município foi criado a 29 de dezembro de 1961, através da Lei Estadual nº 2.460, e na ocasião era composto dos distritos de Peixe-Boi e Tauarizinho. O termo foi criado em 29 de dezembro de 1961 e a Comarca, em 10 de dezembro de 1981.
Fonte: Cidades do Pará - origem e significados de seus nomes.
