A posição estratégica do terreno da atual cidade de Óbidos chamou a atenção dos portugueses, nos primórdios da colonização, ali o rio Amazonas estreitava-se consideravelmente. Em 1697 o governador subiu o grande rio. E ao passar por aquele local, verificou ser a margem esquerda muito favorável para a construção de um forte, pois com ele seria mais fácil garantir a hegemonia portuguesa no Amazonas.
Foi dada a ordem e Manoel da Motta e Siqueira construiu, no ponto onde existia uma tribo de índios pauxis um pequeno forte denominado de fortaleza dos Pauxis. O local distanciava- se cerca de duas léguas da foz do rio Trombetas, cento e oitenta léguas de Belém e aproximadamente dezesseis léguas de Alenquer.
Enquanto a fortificação era levantada, os capuchos da Piedade fundavam, com os índios do rio Trombetas, uma aldeia que também chamaram de Pauxis.
Em 1758 por ali passou o Governador Francisco Xavier de Mendonça Furtado e reuniu as duas aldeias dos capuchos da Piedade e criou uma vila que deu o nome português de Óbidos.