A origem do Município de Muaná encontra-se numa fazenda particular que, pelo seu desenvolvimento, transformou-se em povoado e, posteriormente foi elevado à categoria de freguesia, em 1757 (São Francisco de Paula).
O Conselho do Governo da Província em sessão de maio de 1833, elevou essa freguesia à condição de Vila, tendo sido instalada em 2 de dezembro desse ano.
A cidade de Muaná foi elevada a essa categoria pela Lei nº 324, de 6 de julho de 1895 e inaugurada a 7 de setembro seguinte.
O seu território foi acrescido da zona do Município de São Sebastião da Boa Vista, que havia sido extinto pela Lei nº 16, de 3 de novembro de 1922. Os Decretos nº 6, de 3 de novembro de 1930 e nº 72, do mês seguinte, mantivera Muaná, permanecendo constituído somente pelo distrito-sede.
A divisão territorial do Estado, fixada pelo Decreto -Lei nº 3.131, de 31 de outubro de 1938, para vigorar no período de 1939-43, extinguiu do Município os Distritos de Atatá e Santa Bárbara e suas zonas foram anexadas ao distrito-sede que, por sua vez, perdeu a zona de Pracuúba transferida para o Distrito de São Sebastião da Boa Vista.
Em cumprimento ao Decreto-Lei nº 4.505, de 30 de dezembro de 1945, perdeu com a criação do Município de São Sebastião da Boa Vista, o distrito desse nome, ficando incorporada a Muaná a zona de Pracuúba.
Apresenta-se na divisão, fixada para vigorar no período de 1944-48, constituído apenas pelo distrito-sede.
Muaná é um topônimo indígena com significado de “semelhante a cobra”.
Atualmente, está constituído pelos seguintes distritos: Muaná e São Francisco do Jararaca.
