Há duas versões sobre a origem de Almerim: um forte ali construído pelo holandeses seria, de acordo com alguns, o primeiro povoado erigido em suas terras; o certo, porém, é que Almerim surgiu graças a uma aldeia de catequese que os frades capuchos de Santo Antônio ali criaram (Aldeia de Paru).
Para a defesa do território, Manoel Siqueira construiu um forte de pedra e barro, à margem esquerda do Amazonas, local onde hoje é a sede do município. Em 1745 o Governador e Capitão-general Francisco Xavier de Mendonça Furtado , em sua viagem pelo Amazonas, foi criando vilas, assim sendo, a aldeia de Paru ganhou o nome de Almerim, sendo elevada à vila. A instalação ocorreu no dia 22 de fevereiro de 1758.
No começo do século XIX, Almerim decaiu, como como quase todas as localidades do Baixo Amazonas, em virtude daquela região estar no planos de Portugal de aumentar seus domínios. Perdeu sua categoria de vila.
Proclamada a República, o governo provisório voltou a elevar Almerim à vila, criando o município em 17 de março de 1890. Apos a revolução de 30, o município foi extinto e seu território anexado à Prainha; todavia no dia 24 de novembro o Decreto nº 16 restabeleceu-o.
Em 1943, com a criação do Estado do Amapá, Almerim perdeu parte de suas terras que passaram ao município amapaense de Mazagão.
Entre os seus acidentes geográficos destaca-se a Serra da Arumanduba, que corta o município.
